Запуск программы HDD Regenerator, установленной на оптическом диске или флэшке в среде DOS, не означает, что пользователь должен запускать ОС DOS на своем компьютере. Необходимые средства ОС DOS уже записаны на загрузочных оптическом диске или флэшке вместе с программой HDD Regenerator, и, следовательно, пользователь может не осваивать премудрости DOS.

Другое ограничение связано с тем, что в DOS без специальных драйверов не распознаются жесткие диски, подключенные через RAID-контроллер. Такие средства предусмотрены, например, в программах Norton Ghost v8, 10, 11, но отсутствуют в программе HDD Regenerator. Поэтому при восстановлении винчестеров с помощью программы HDD Regenerator, установленной на оптических дисках или флэшках, можно использовать лишь схемы подключения рис. 5.2 и 5.3, но с помощью схем, представленных на рис. 5.4 и 5.5, не удастся обнаружить и восстановить жесткие диски, соединенные с компьютером через RAID-контроллер.